Grapevine flavescence dorée (GFD) je najvážnejšia karanténna choroba viniča v Európe.  Aby bolo možné presne potvrdiť prítomnosť fytoplazmy v rastlinných vzorkách, ÚKSÚP bude po získaní akreditácie využívať metódy Sangerovho sekvenovania DNA – zlatý štandard v molekulárnej diagnostike, čím bude pri diagnostike tohto ochorenia absolútne nezávislý od iných laboratórií.

🔬 Ako sekvenovanie pomáha?
Sekvenovaním DNA dokážeme presne identifikovať nukleotidovú sekvenciu cieľových génov fytoplazmy GFD.
Vďaka tomu je možné jednoznačne potvrdiť, či ide o karanténny patogén, alebo o nepatogénne príbuzné línie.

🧬 Čo používa laboratórium? Sekvenátor ThermoFisher SeqStudio™

Na potvrdenie prítomnosti fytoplazmy Grapevine flavescence dorée bude ÚKSÚP  používať novo zakúpený moderný prístroj ThermoFisher SeqStudio™ Genetic Analyzer. Ide o kompaktný automatický sekvenátor, ktorý dokáže „prečítať“ úseky DNA podobne ako čítačka čiarových kódov – len namiesto čiar číta poradie písmen genetického kódu (A, T, C, G).

Čo je na tom výnimočné?

• metóda je veľmi presná, dokáže rozlíšiť aj minimálne rozdiely v DNA,
• výsledok je nezávislý od vizuálnych príznakov,
• umožňuje potvrdiť aj nízku hladinu infekcie,
• SeqStudio pracuje takmer automaticky — stačí vložiť kazetu a spustiť analýzu.

Prečo je to dôležité?

Sangerova sekvenácia je „zlatý štandard“ v molekulárnej diagnostike. Zabezpečuje, že konečná identifikácia patogénu je na 100 % presná, čo je kľúčové pre prijímanie opatrení proti šíreniu GFD v slovenských vinohradoch.

🌱 Prečo je Sangerova sekvenácia dôležitá pri GFD?

✔ poskytuje najvyššiu špecificitu – eliminuje falošne pozitívne výsledky
✔ umožňuje porovnávanie sekvencií s databázami (GenBank)
✔ potvrdzuje typ/subtyp fytoplazmy
✔ je nevyhnutná pri epidemiologických šetreniach a sledovaní šírenia nákazy

🔍 Ako to funguje v praxi?

1️⃣ Zo vzorky (list, výhonok, hmyz) sa izoluje DNA.
Laboratórium extrahuje genetický materiál z rastlinného tkaniva alebo z vektora (prenášača), ktorým je cikáda Scaphoideus titanus.

2️⃣ Namnoží sa vybraná časť DNA fytoplazmy.
Pomocou PCR sa vyrobia tisíce kópií cieľového úseku, aby bol dobre viditeľný pre sekvenátor.

3️⃣ Produkt sa purifikuje (očistí) (EXOSAP-IT alebo GeneJET).

4️⃣ Prebehne sekvenačná reakcia s BigDye Terminator v3.1.

5️⃣ Sekvenátor DNA „prečíta“ poradie písmen.
Prístroj SeqStudio rozdelí DNA podľa veľkosti pomocou kapilárnej elektroforézy a pritom sníma fluorescenčne označené nukleotidy.
Výsledkom je chromatogram – farebný graf ukazujúci presné poradie báz.

6️⃣ Softvér automaticky vyhodnotí, či ide o Grapevine flavescence dorée.
Získaná sekvencia sa porovnáva so znamymi medzinárodnými databázami.
Ak sa zhoduje so sekvenciou GFD, infekcia je potvrdená.

🍇 Pre vinohradníctvo to znamená:

• rýchle a spoľahlivé potvrdenie infekcie,
• presné monitorovanie šírenia choroby,
• možnosť prijímať včasné a cielené opatrenia.

ÚKSÚP tak vďaka moderným DNA technológiám posilní ochranu slovenských vinohradov. Veda a prax spoločne chránia naše vinohrady. 🍇🔬✨