Odbor kontroly vykonáva úradné kontroly, štátne odborné kontroly a odber úradných vzoriek na kontrolno-analytickú činnosť v jednotlivých oblastiach poľnohospodárstva, predovšetkým u výrobcov, veľkodistribútorov a predajcov rastlinných komodít, prípravkov na ochranu rastlín, pomocných prípravkov v ochrane rastlín, osív a sadív, krmív, hnojív, pestovateľských substrátov a pôdnych pomocných látok.