Odborná činnosť a metódy

Odborná činnosť

V súlade s kompetenciami ÚKSÚP a platnou legislatívou SR a ES sú výkony laboratórií OMB zamerané na stanovenie prítomnosti, identifikáciu a kvantifikáciu GMO v rastlinných komoditách, krmivách, bioproduktoch a potravinových vstupoch, na monitoring a kontrolu úrovne koexistencie GMO, ďalej na genetický popis, rozlíšenie a identifikáciu odrôd rastlín, analýzy odrodovej pravosti a čistoty osív, sadív a merkantilu, na detekciu a identifikáciu karanténnych rastlinných patogénov, na stanovenia rastlinných a živočíšnych komponentov a nežiadúcich organizmov v krmivách, na detekciu potenciálnych agensov bioterorizmu a na posudzovanie biologických a fyzikálno-chemických vlastností, metód a dokumentácie biopesticídov, detekciu biopesticídov a na prípravu a udržovanie referenčných materiálov.

Oddelenie molekulárnej biológie NRL vykonáva:

I. Skúšanie GMO v rastlinách, rastlinných komoditách a krmivách

Molekulárna detekcia, identifikácia a kvantifikácia obsahu GMO v produktoch s použitím PCR, real-time PCR a DNA microarray:

• osivá, GM osivá, sadivá, bioosivá, novošľachtence a odrody kultúrnych rastlín;
• krmivá, kŕmne zmesi, aditíva vrátane mikrobiálnych a GM mikroorganizmy;
• produkty ekologického poľnohospodárstva a potravinové vstupy;
• rastlinné produkty a merkantil;
• kontrola koexistencie GMO, vysledovateľnosť, cezhraničný pohyb GMO;
• kontrola rastlín na porastoch, vrátane burín a kontrola pre environmentálne účely.

GMO skúšané na OMB NRL:

Druhy GMO: sója, kukurica, repka, ryža, zemiaky, cukrová repa, bavlna, mikroorganizmy a iné po dohode so zákazníkom.

Typy GMO (GM eventy): všetky GM eventy autorizované v EU a aktuálne neautorizované GM eventy v hodnotení EFSA podľa Nariadenia (ES) 1829/2003 a Smernice (ES) 2001/18:

• GM kukurica (Zea maysL.): MON810, Bt11, Bt176, TC1507, MON863, GA21, NK603, T25, MIR604, DAS 1507 x NK603, MON 863 x MON 810, MON 863 x NK603, MON 863 x MON 810 x NK603, DAS 1507 x DAS 59122, DAS 59122 x TC 1507 x NK603, DAS 59122 x NK603, MON  88017 x MON 810, Bt11 x MIR604, MON 89034 × TC1507 x NK603, MON 89034 × NK603, NK603 × MON 810, MIR604 x GA21, Bt11 x MIR604 x GA21, Bt11 x GA21, MON 89034 × 1507 × MON 88017 × 59122, DAS 59122, DP 98140, DP 98140 x DAS 1507, DP 98140 x DAS 1507 x DAS 59122, MON 88017, MON 88017-3 x MON 89034, MON 89034, MON 89034-3 x MON 88017-3, 3272 Maize, LY038 Maize, MIR162 a ďalšie po dohode so zákazníkom;
• GM sója (Glycine max L.): MON 04032-6, A2704-12, MON 89788, DP-305423-1, DP-356043-5, 305423 x 40-3-2. A5547-127 a MON 87701-2; 
• GM repka (Brasica napus L.): Ms8, Rf3, Ms8 x Rf3, T45, GT73, OXY235, MS1, Rf1, MS1 x Rf1, Rf2, MS1 x Rf2, Topas 19/2 a screening;
• GM bavlna (Gossypium L.): MON1445, MON15985, MON531, MON531 x MON1445, MON15985 x MON1445 a screening;
• GM cukrová repa (Beta vulgaris L.): H7-1 a screening;           
• GM zemiaky (Solanum tuberosum L.): EH92-527-1 a screening;
• GM ryža (Oryza sativa L.): Rice Bt63, LLRice601 a screening;
• GM mikroorganizmy: Dried killed bacterial biomass PL73 Brevibacterium, PT73 E. coli (TM) dried killed bacterial biomass, PL73 E. coli (LM) Dried killed bacterial biomass. Novo Yeast Cream pMT742 v príprave;
• Nepovolené (karanténne) GM eventy: Kukurica - Maize Event 32, Maize Bt10, StarLink™ Corn; Ryža - Rice Bt63, LLRice601; Ľan - Triffid flax (FP967).

II. Skúšanie odrôd, osív, sadív a merkantilu

• Genotypový a fenotypový popis a laboratórny DUS testing odrôd a novošľachtencov a analýza pôvodu odrôd s použitím bielkovinného PAGE, SDS PAGE a izoenzýmového fingerprintingu SGE, DNA mikrosatelitov a digitálnej obrazovej analýzy.
  Analyzované druhy: hustosiate obilniny, kukurica, mätonohy, strukoviny, olejniny*, hybridy zelenín* a okopaniny*.
• Skúšanie odrodovej pravosti a čistoty osív a sadív, stanovenie odrodového zloženia, druhová a odrodová identifikácia prímesí s použitím bielkovinného PAGE, SDS PAGE a izoenzýmového fingerprintingu SGE, DNA mikrosatelitov a digitálnej obrazovej analýzy. Analyzované druhy: hustosiate obilniny (hlavne pšenica a jačmeň, tiež triticale, raž, ovos), kukurica, mätonohy, strukoviny, sója* a ostatné podľa požiadaviek zákazníka.
• Skúšanie odrodovej pravosti a čistoty merkantilu, stanovenie odrodového zloženia,  identifikácia prímesí s použitím bielkovinného PAGE, SDS PAGE a izoenzýmového fingerprintingu SGE, DNA mikrosatelitov a digitálnej obrazovej analýzy.
  Analyzované druhy: hustosiate obilniny, kukurica, sója a iné podľa aktuálnych požiadaviek zákazníka.

Poznámka: * Na základe dojednania so zákazníkom.

III. Molekulárna detekcia a identifikácia rastlinných patogénov

DNA-testy na detekciu a identifikáciu aktuálnych karanténnych rastlinných patogénov s použitím PCR, RFLF a real-time PCR.

Rastlinné patogény skúšané na OMB:

• Baktérie: Erwinia amylovora, Ralstonia solanacearum, Clavibacter michigenensis ssp. sepedonicus,  Clavibacter michiganensis ssp. insidiosus, Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis, Clavibacter michiganensis subsp. tessellarius, Clavibacter michiganensis subsp. nebraskensis, Agrobacterium tumefaciens strains a ďalšie*.
   
• Fytoplazmy:
  Apple Proliferation Group phytoplasma:
  - Candidatus Phytoplasma mali (apple proliferation phytoplasma),
  - Candidatus Phytoplasma pyri (pear decline phytoplasma),
  - Candidatus Phytoplasma prunorum (ESFY).
  
  Aster yellows group phytoplasma.
  
  Stolbur group phytoplasma:
  - Stolbur phytoplasma,
  - Bois noir phytoplasma,
  - Grapevine yellows phytoplasma.
  
  Elm yellows group phytoplasma:
  - Alder yellows phytoplasma,
  - Flavescence Dorée Grapevine phytoplasma,
  - Robus stunt phytoplasma.
  
  Nešpecifická detekcia fytoplaziem (všeobecný skríning).
   
• Vírusy: Cauliflower mosaic virus (CaMV) 
   
• Huby: Monilinia fructicola, Phytophtora ramorum a ďalšie Phytophtora fragarie var. fragarie, Phytophtora kernoviae v priprave.

IV. Kontrola a posudzovanie biopesticídov

• Posudzovanie biologických a fyzikálno-chemických vlastností, metód a dokumentácie biopesticídov k registrácii,
• Kontrola identity biopesticídov a detekcia reziduí biopesticídov.

V.    Plodinový bioterorizmus (agroterorizmus)

• Vývoj metód rýchlej diagnostiky pre detekciu karanténnych rastlinných patogénov, ako potenciálnych agensov bioterorizmu, na báze PCR, real-time PCR, DNA/RNA microarray, GC FAME profilingu, TEM a ďalších metód.

Metódy

Laboratóriá OMB používajú štandardizované, validované a verifikované skúšobné metódy spracované do štandardných operačných postupov (ŠOP) laboratória, ktoré sú v súlade s normami STN a EN ISO, s Nariadeniami a Smernicami ES, normami ISTA, štandardnými diagnostickými protokolmi EPPO, EUPHRESCO, smernicami UPOV, CPVO,  a FAO/WHO a platnou SR a EU legislatívou.

Metódy pre detekciu a kvantifikáciu GMO:

• End point PCR screening, detekcia a identifikácia GMO podľa STN EN ISO a EURL GMFF EC 
• DNA microarray screening, detekcia a identifikácia GMO podľa ENGL a EURL GMFF EC
• Real-time PCR detekcia a kvantifikácia GMO podľa STN EN ISO a EURL GMFF EC 

Metódy pre skúšanie odrôd, osív, sadív a merkantilu:

• proteínový fingerprinting v PAGE a SDS-PAGE podľa ISTA, UPOV a CPVO
• metóda DNA markerov (SSR) pre rozlíšenie odrôd podľa ISTA
• proteínový fingerprinting v IEF PAGE* podľa ISTA
• izoenzýmový fingerprinting v SGE* podľa UPOV a CPVO
• digitálna obrazová analýza podľa STN 461012

Metódy pre detekciu a identifikáciu rastlinných patogénov:

• End point PCR detekcia a RFLP verifikácia patogénov podľa EPPO
• Real-time PCR detekcia a genotypizácia patogénov podľa EUPHRESCO (ERA) 6FP a EPPO

Poznámka: * Na základe dojednania so zákazníkom.